Namun, sejak perubahan status kawasan dan dibukanya akses aktivitas, masyarakat melaporkan berbagai persoalan di lapangan, mulai dari pencemaran sampah, aktivitas di sekitar mata air tanpa pengawasan, hingga praktik yang melanggar norma adat di wilayah sakral seperti di sekitar mata air Tunematan/Wailepe. Kondisi ini dinilai memperlihatkan kesenjangan antara klaim konservasi dan praktik pengelolaan di lapangan.
WALHI NTT juga mengingatkan bahwa secara konstitusional, pengakuan terhadap masyarakat adat telah ditegaskan, termasuk melalui Putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 35/PUU-X/2012 yang menyatakan bahwa hutan adat bukan lagi bagian dari hutan negara. Ketika pengakuan ini tidak diimplementasikan, maka potensi konflik dan tumpang tindih klaim akan terus terjadi.
Lebih jauh, ritual adat yang dilakukan masyarakat serta penutupan kawasan Gunung Mutis, Gunung Kekneno, dan Gunung Mollo dipandang sebagai mekanisme internal dalam menjaga keseimbangan alam. Praktik tersebut tidak hanya bernilai budaya, tetapi juga berfungsi sebagai sistem pengendalian ekologis berbasis lokal.
